- 1999
- 08.16재단법인 충남대학교 산학연교육연구재단 설립(대전광역시 교육청 허가 제 6-39호)
- 07.02고기능성자성재료연구센터가 한국과학재단으로부터 우수연구센터(ERC)로 선정
- 05.24충남 대천에 임해수련원 신축
- 03.24교육대학원에 전문상담교사 양성과정 설치
- 03.06사회교육원 설립인가(교육부 제244호)
- 03.01대학원 석사학위과정에 언어학과, 고고학과, 사회복지학과, 무용학과, 특허협동과정을, 박사학위과정에 제약학과를 각각 신설
자연과학대학 지질학과를 기초과학부에 통합
공과대학 기계공학부, 화학공학부, 재료공학부, 컴퓨터정보통신공학부를 분리하고, 재료공학, 금속공학, 화학공학, 고분자공학, 정밀공업화학, 섬유공학과를 신소재공학부로 개편
농과대학 응용생물화학부와 식품공학과를 통합하여 응용생물화학식품학부로, 농공학과와 농업기계공학과를 통합하여 농공, 농업기계공학부로 개편
약학대학 약학과와 제약학과를 통합하여 약학부로 개편 - 02.01대전, 충청지역 전자상거래지원센터 협력기관으로 지정
- 01.11통합정보시스템의 구축과 대학정보화의 통합적 관리운영을 위해 한시조직으로 정보화기획단 설치
- 1998
- 12.25공동실험실습관 신축
- 11.02농업과학기술센터 신축
- 09.07신문사와 방송국을 신문방송사로 통합
- 08.20산학연교육연구관 신축
- 08.03여성정책연구소신설
- 03.26공과대학 부설 첨단수송체연구소 신설
- 03.01대학원 석사학위과정에 정보통신공학과, 박사학위과정에 천문우주과학과, 환경공학과 신설
자연과학대학 수학과, 통계학과, 물리학과, 천문우주과학과, 화학과, 생화학과, 생물학과, 미생물학과, 해양학과를 통합하여 기초과학부로 개편
자연과학대학에 수의예과 신설 - 02.12가상 대학 프로그램 실험운영기관으로 선정
- 1997
- 12.24수의과대학 부속 동물병원 신축
- 10.10회계연구소 신설
- 08.13의과대학 부설 간호과학연구소 신설
- 07.25한국생산기술연구원 충남대학교 지역센터 설치
- 06.30약학대학 부속 약초원이 비법정기구로 설립
- 03.31제13대 윤형원 총장 취임
- 03.01공과대학 컴퓨터공학과와 정보통신공학과를 통합하여 컴퓨터정보통신공학부로 학부제 개편
농과대학 농학과와 원예학과를 통합하여 식물자원학부로, 산림자원학과와 임산공학과를 통합하여 환경임산자원학부로, 축산학과와 낙농학과를 통합하여 동물자원학부로, 농생물학과와 농화학과를 통합하여 응용생물화학부로 학부제 개편
공동실험실습관이 법정기구로 인가
대학원 석사학위과정에 자치행정학과, 제약학과, 전파공학과, 박사학위과정에 공업교육학과가 신설되고, 항공우주 및 메카트로닉스공학과가 항공우주공학과와 메카트로닉스공학과로 분리됨
대학원 학과 간 협동과정에 의공학분야 석 · 박사학위과정과 보건학 박사학위과정 신설 - 02.03자연과학대학 부설 경기지도자연수원 신설
- 1996
- 11.20자성재료연구소 신설
- 10.25의공학연구소, 아시아지역연구소 신설
- 10.18제4후생관 신축
- 08.10법경관 증축 완공
- 07.29전자파기술연구소, 무기소재화학연구소 신설
- 07.19음악과 증축 완공
- 07.01지역사회의학연구소가 의과대학 부설 의학연구소로 개편
- 03.13소프트웨어연구센터 신설
- 03.01공과대학 금속공학과와 재료공학과를 통합하여 재료공학부로, 화학공학과, 고분자공학과, 정밀공업화학과를 통합하여 화학공학부로, 기계공학과, 기계설계공학과를 통합하여 기계공학부로 학부제 개편
법과대학 공법학과와 사법학과를 통합하여 법학부로 학부제 개편
대학원 석사학위과정에 신문방송학과, 사회체육학과, 항공우주 및 메카트로닉스공학과,박사학위과정에 무역학과, 정치외교학과, 임산공학과 신설
교육대학원에 유아교육전공이 신설되고 전자계산교육전공이 컴퓨터과학교육전공과 컴퓨터공학교육전공으로 분리
산업대학원 석사학위과정에 선박해양공학과, 지질공학과 신설
- 1995
- 12.20수의과대학 교사 신축
- 08.20충남대학교 병원이 법인화됨
- 06.30공과대학 부설 신소재연구소 신설
- 05.10국책공과대학 사업집행을 위한 국책사업단이 비법정기구로 발족
- 03.01자연과학대학에 무용학과, 대학원 석사학위과정에 천문우주과학과 신설
대학원 석 · 박사학위과정에서 임학과가 산림자원학과로 명칭 변경
공과대학 재료공학과, 섬유공학과, 금속공학과, 화학공학과, 고분자공학과 및 정밀공업화학과를 신소재공학계열로 특성화하여 신입생 선발
- 1994
- 12.31국책사업추진위원회 발족
- 11.09사회과학대학 교사 신축
- 08.20교육부로부터 공과대학이 국책공과대학으로 지정됨
- 03.01사회과학대학에 사회복지학과, 공과대학에 컴퓨터공학교육과 신설
자연과학대학의 전산학과가 컴퓨터과학과로 학과 명칭 변경
대학원 박사학위과정에 미생물학과, 간호학과 신설
보건대학원에 의료기술학전공, 교육대학원에 농업교육전공 중 농업기계
교육분야가 신설되고 국어교육전공이 국어교육전공과 한문교육전공으로 분리 개편. 농과학에 최고농업경영자과정 신설
- 1993
- 07.19유학연구소, 가구연구소 신설
- 04.15자연과학대학 부설 자연과학연구소가 폐지되고 기초과학연구소로 통합
- 03.30제12대 정덕기 총장 취임
- 03.01문과대학에 언어학과, 공과대학에 전파공학과 신설
대학원 석사학위과정에 구사학과, 박사학위과정에 식품영양학과, 의류학과, 사회학과 신설
교육대학원에 미술교육전공이 신설되고 교육심리 및 교육방법전공이 교육심리 및 교육 과정전공으로 명칭 변경
보건대학원에 산업보건학전공 신설 - 01.30정보통신연구소 신설
- 1992
- 09.21해양연구소 신설
- 06.25암공동연구소가 법정화됨
- 06.19급속응고신소재공학연구센터가 급속응고신소재연구소로 개편
- 03.23수의과대학 부설 동물의과학연구소 신설
- 03.01공과대학에 정보통신공학과, 항공우주공학과, 메카트로닉스공학과, 정밀공업화학과 신설
농과대학의 임학과가 산림자원학과로 명칭 변경
대학원 석사학위과정과 박사학위과정에 학 · 연협동연구과정이 신설되고, 대학원 박사학위과정에 컴퓨터공학과, 농업경제학과, 해양학과, 회계학과 신설
교육대학원에 전자계산교육전공, 음악교육전공 신설
기획연구실이 법정기구로 신설되고, 기획연구실 산하에 기획담당관실과 연구지원담당관실 설치, 비법정기구 운영되던 기획실은 기획담당관실에 통합
- 1991
- 10.01지역개발연구소가 법정화됨
- 05.07문과대학 부설 백제연구소가 본부직속 연구소로 개편
- 03.23미국학연구소가 북미주연구소로 개편
- 03.07급속응고신소재공학연구센터 신설
- 03.01수의과대학 신설
문과대학에 고고학과 신설
농과대학 수의학과와 부속 동물병원이 수의과대학으로 소속이 변경되고, 동물병원이 법정화됨
대학원 석사학위과정에 임산공학과, 무역학과, 문헌정보학과, 환경공학과, 박사학위과정에 공업화학과, 기계설계공학과, 생화학과, 고분자공학과 신설
석사학위과정의 전자계산기공학과가 컴퓨터공학과로, 석 · 박사학위과정의 식품가공학과가 식품공학과로 명칭 변경
환경문제연구소, 약학대학 부설 의약품개발연구소, 문과대학 부설
백제연구소가 법정화됨
- 1990
- 05.26암공동연구소 신설
- 04.16사회과학대학 부설 사회과학연구소 신설